在购买蜂蜜时，颜色成了不少人挑选的重要考量指标。其实，只要是蜂蜜，营养价值都不会有太大的差异，颜色深浅，主要是因为蜂蜜的品种不同，其次还有储存时间、地理来源、生产年份，都会对蜂蜜颜色造成影响。
一般说来，蜂蜜的颜色和味道与蜂蜜的品种密切相关。如椴树蜜为浅琥珀色，清澈半透明或是白色奶油状；向日葵蜜为琥珀色；杂花蜜的颜色不固定，一般为黄红色。蜂蜜的颜色与养蜂过程中使用的蜂巢也有一定的关系，对于同一品种的蜂蜜，从旧蜂巢中产出的蜜，颜色会稍微深一些。
不同地区的同一蜜源植物，由于地理气候环境不同，生产出的蜂蜜颜色也不一样。同一地区，由于每年蜂巢的老旧程度不同，每年的气候天气状况不一样，也会影响蜂蜜的颜色。
蜂蜜的颜色与蜜源有关系，与蜂蜜优劣无关。不同蜜源植物酿成的蜂蜜，在颜色上有明显差异。龙眼蜜、枣花蜜的颜色较深，洋槐蜜、椴树蜜的颜色较浅。
此外，蜂蜜的存储时间和温度也会影响其颜色。随着储藏时间的延长，蜂蜜的颜色会逐渐加深，主要是因为蜂蜜中的还原糖与少量的氨基类化合物发生了羰氨反应，也叫美拉德反应，生成深色物质，由于蜂蜜中的氨基类化合物含量极少，所以反应非常缓慢，对蜂蜜的营养价值影响不大。
例如，椴树蜂蜜，如果是结晶乳白的奶油状蜂蜜，常温下放置一段时间，颜色也会变得发黄加深；如果是浅琥珀色的液体蜂蜜，常温下放置一段时间后，颜色也是逐渐加深的，但是它的营养品质并没有发生多少变化。
